농촌진흥청은 3배체 씨 없는 수박은 일반 수박보다 생육이 왕성해 물, 온도, 비료 주기에 더 관심을 기울여야 한다고 당부했다.

씨 없는 수박은 심은 지 약 35일 후에 열매가 달리는데 생육이 지나치게 왕성하면 암꽃의 특성이 나빠지고 꽃이 제 위치에서 피지 않을 수 있다. 또, 꽃가루받이가 잘되지 않아 열매 자체를 맺지 못할 수 있다. 

따라서, 세력이 왕성해지지 않도록 열매가 달리기 전까지 물을 적게 주는 방식으로 생육을 적정하게 유지해야 한다. 생육이 지나치게 좋을 때는 열매가 달리기 전 10일 전후로 제1인산칼륨 500~1,000배 희석액을 2회 정도 뿌리면 암꽃이 충실해지고 열매도 잘 달린다.

또한 밤 온도가 15도 이하로 내려가면 꽃가루의 수정 능력이 떨어지기 때문에 열매 맺히는 시기에는 야간 온도를 15도 이상으로 유지한다. 재배 후반부까지 생육이 강하게 유지되면 속이 비거나 모양이 삐뚤어진 기형 수박이 발생할 수 있고 맛과 향도 떨어지게 된다.