고추를 정식한 이후에는 식물 조직이 연약해 진딧물에 의한 심각한 피해가 우려되는 만큼 철저한 방제가 요구되고 있다. 

농촌진흥청은 고추 상품성을 떨어뜨리는 진딧물은 피해가 나타나기 전, 모종 아주심기를 마친 직후부터 예찰을 통해 철저히 차단해야 한다고 강조했다.

진딧물은 알 상태로 겨울을 난 뒤 4월에 깨어나는 해충이다. 날개 달린 진딧물 어른벌레(성충)는 5월 초부터 작물에 날아와 날개 없는 애벌레를 낳아 피해를 준다.

번식력이 왕성한 진딧물 어른벌레와 애벌레는 새로 나온 잎의 즙액을 빨아 먹어 식물체를 위축시키거나 생장을 억제한다. 또한 진딧물의 배설물(감로)은 지저분함과 그을음병을 유발해 광합성을 억제하고 미관을 해치는 등 상품성을 크게 떨어뜨린다.

특히 진딧물은 직접적인 피해뿐 아니라 즙을 빠는 도중 바이러스 병을 옮겨 더 큰 손해를 끼친다.
주변 잡초나 작물로부터 오이모자이크바이러스(CMV)에 감염된 날개 달린 진딧물은 아주심기한 고추에 날아와 1차 감염을 일으키고  이후 새끼를 번식해 바이러스 2차 확산을 일으킨다.

진딧물로 오이모자이크바이러스에 감염된 고추는 4∼5일 이후부터 새잎이 누렇게 변하는 황화증상이나 얼룩 증상, 잎이 울퉁불퉁해지는 증상이 나타난다. 품종에 따라 심하면 줄기가 까맣게 마르거나 열매에 얼룩무늬가 나타나기도 한다.

고추 진딧물을 방제하려면 밭 주변에 황색 끈끈이 트랩(포획장치)을 설치해 예찰한 다음, 날개 달린 진딧물이 날아와 정착을 시작하는 발생 초기 방제하는 것이 중요하다. 

지난해 조사 결과 고추 진딧물은 아주심기 초기인 5월 초부터 발생하기 시작해 5월 말 가장 크게 늘었다. 기온이 높은 7월∼8월에는 다소 감소했다가 이후 발생이 증가하는 특성을 보였다. 

방제는 한 가지 약제만 계속 뿌리는 것보다 계통이 다른 약제를 번갈아 가며 줘야 더 효과적이다. 진딧물은 주로 잎 뒷면에 서식하므로 약액이 골고루 닿도록 작물 전체에 꼼꼼하게 뿌려야 한다.